1958年，在自主发展原子弹和核反应堆的背景下，上海交通大学同国内一些著名大学几乎同时办起了工程物理系，下设原子工程、放射化工、电物理、核材料等专业，从全校学生中选择了十几位优秀学生成为了第一届学生。
• 1958年, 成立上海交大工程物理系,国内四所最早成立核学科的高校之一
• 1961年, 重组成立反应堆工程系，设置反应堆工程和核动力装置
• 1982年, 本学科获硕士学位授予权
• 1997年，成立核动力工程与自动化系
• 1998年, 与上海核工程研究设计院共建博士点
• 2000年, 与上海核工程研究设计院共建博士后流动站；同年建立工程硕士点
• 2002年，改名核科学与系统工程系
• 2006年, 成立核科学与工程学院
• 2010年, 学院获“核科学与技术”博硕学位授权一级学科点
• 2012年, 学院获上海高校一流学科建设资助
• 2013年, 与上海核工程研究设计院共建的上海市核电工程技术研究中心
• 2013年, 学院获批科技部先进核能系统热工水力基础研究国际科技合作基地
• 2015年，与中广核签署战略合作协议
• 2015年，完成国家核电重大专项课题六大关键试验之一—国和一号（CAP1400）ERVC临界热通量工程验证试验
• 2016年，十三五国防特色学科获批
• 2018年，与中国核工业集团有限公司签署深化战略合作协议
• 2018年，与中广核研究院成立先进反应堆热工水力联合实验室。
经过将近60年的时间，学院创造了辉煌的历史，为我国核工程领域培养了一大批优秀的领军人物，逐步行了高起点、多层次、国际化的人才培养体系，现在越来越多的地方留下了交大核学院人的足迹，他们为国家的发展做出了巨大的贡献，得到了业内外人士的一致好评。
经过将近60年的时间，学院创造了辉煌的历史，为我国核工程领域培养了一大批优秀的领军人物，逐步行了高起点、多层次、国际化的人才培养体系，现在越来越多的地方留下了交大核学院人的足迹，他们为国家的发展做出了巨大的贡献，得到了业内外人士的一致好评。
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