上海交通大学核反应堆工程专业始建于1958年，是国内本领域首批创建的学科之一，也是首批开展研究生培养工作的学科之一。1998年获得 “核能科学与工程”联合博士点，2001年获准设立“核科学与技术”一级学科博士后流动站， 2006年增加学科设置、拓宽专业方向，在原核科学与系统工程系基础上成立了“核科学与工程学院”，2010年获核科学与核技术一级学科点。现有反应堆热工水力、核动力系统与安全、反应堆物理、核材料与燃料、核辐射与环境五个研究室。现有专职教师48人，100%具有博士学位，80%以上具有国外学历或进修经历，其中正教授9名。

学院同国内外相关企业和科研单位建立良好的合作关系，与上海核工程研究设计院等机构建有多个联合实验室，同台湾清华大学、东京大学、韩国科学技术院等国内外多个知名大学开设国际学生暑期学校，多次主办重大国际学术会议，综合实力得到快速提升。